□ 2016（平成28）年度税制改正において、通勤手当の非課税限度額が15万円／月額に引き上げられました（改正前は10万円／月額）。2016（平成28年）1月1日以後に支払われる通勤手当から適用されます。
　なお、政令施行前の1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当において、改正後の規定を適用して過納となる税額については、今年の年末調整の際に精算を行うとされています。

□ 年末調整の際における精算手続：次の通りです。
（１）改正前の非課税規定を適用し所得税等の源泉徴収をした通勤手当のうち、改正後の非課税規定によって新たに非課税となった部分の金額を計算。
（２）「平成２８年分給与所得・退職所得に対する源泉徴収簿」の「年末調整」欄の余白に「非課税となる通勤手当」と表示して、上記（１）の計算根拠、及び、今回の改正により新たに非課税となった部分の金額を記入。
（３）源泉徴収簿の「年末調整」欄の「給料・手当等�@」欄に、給料・手当等の総支給金額の合計額から、上記（２）の新たに非課税となった部分の金額を差し引いた後の金額を記入。
（４）改正後の非課税規定によって新たに非課税となった部分の金額が、本年の給与総額から一括して差し引かれ、その差引後の給与の総額を基にして年末調整を行う。

□ 財務システムのアップデートの遅延等による法改正対応ができない場合：法改正への対応ができず、政令施行日である4月1日以後に支払われる通勤手当についても、改正前の非課税規定で支払ってしまった場合には、年末調整による精算で処理するのではなく、旧規定による源泉徴収を行った後に、速やかに誤納還付請求を行い、差額の還付を受けることができます。

□ 新規定を適用した場合の差額精算については、時期によって適用関係が異なるため、支払った通勤手当がどの期間に対応するものなのかを確認する必要があります。
　また、28年1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当で、3月31日までに支払われるものは新規定で処理しますが、旧規定適用の場合は年末調整での処理となります。
　さらに、平成28年4月1日以後に支払われるものは新規定が適用されますが、旧規定適用の場合は、還付請求を行うことで処理することになります。